오늘 저는 Ubuntu의 Scientific 버전을 찾아 보라는 요청을 받았습니다. 그들은 실제로 DNA 서열 분석, 단백질 검증, 추정 및 많은 생물학 관련 작업을 수행 할 수있는 도구를 찾고 있습니다.
먼저:
-
과학적인 바이오 지향 버전의 우분투가 있습니까?
-
위에서 언급 한 것과 같은 과학적 분석을 수행 할 수있는 도구가 있습니까?
답변
나는 컴퓨터 생물학 및 생물 정보학을 위해 다양한 데비안, RHEL 및 Virtal Machine 기반 운영 체제 및 연구 도구에 대해 인터넷 검색을 수행했습니다. 주목할만한 몇 가지가 아래에 요약되어 있습니다.
데비안 메드 (Debian Med) : 의료 실무 및 생의학 연구 요구 사항에 특히 적합한 데비안 운영 체제.
DNALinux : 바이오 인포 매틱 소프트웨어가 사전 설치된 가상 머신입니다.
Bioknoppix : Knoppix Linux Live CD의 맞춤형 배포판입니다. 분자 생물학자를 대상으로 한 응용 프로그램과 함께 제공됩니다. 일부 RAM을 사용하는 것 외에도 Bioknoppix는 호스트 컴퓨터를 만지지 않으며 (Live-CD이기 때문에) 데모, 분자 생물학 학생, 워크샵 등에 이상적입니다.
Vigyaan : ( “Vigyaan”은 힌디어로 “과학”을 의미합니다. 그러나 이것은 저도 과학적인 리눅스는 아닙니다). Vigyaan은 생물 정보학, 전산 생물학 및 전산 화학을위한 전자 워크 벤치입니다. 초보자와 전문가의 요구를 모두 충족하도록 설계되었습니다. VigyaanCD는 사용 가능한 모델링 소프트웨어로 컴퓨터를 부팅하는 데 필요한 모든 소프트웨어가 포함 된 라이브 Linux CD입니다. VigyaanCD v1.0은 KNOPPIX v3.7을 기반으로합니다.
VLinux : Bioinformatics의 학생 및 연구원을위한 Linux 배포 및 기기입니다. OpenSUSE를 기반으로하며 Novell의 Suse Studio를 사용하여 빌드됩니다.
BioSLAX : NUS (National University of Singapore)의 BioInformatics Center (BIC)의 리소스 팀에서 발표 한 새로운 생체 정보 도구의 라이브 CD / DVD 제품군입니다. 모든 PC에서 부팅 할 수있는이 CD / DVD는 SLAX로 알려진 LINUX 운영 체제의 압축 된 SLACKWARE 특징을 실행합니다.
Bio-Linux 6.0 : 모든 기능을 갖춘 강력하고 구성 가능하며 유지 관리가 용이 한 생물 정보학 워크 스테이션입니다. Bio-Linux는 Ubuntu Linux 10.04 기반으로 500 개 이상의 생물 정보학 프로그램을 제공합니다. 바이오 인포 매틱스 프로그램을위한 그래픽 메뉴와 바이오 리눅스 바이오 인포 매틱스 문서 시스템 및 테스트 프로그램에 유용한 샘플 데이터에 쉽게 액세스 할 수 있습니다. 차세대 시퀀스 데이터 유형을 처리하기 위해 Bio-Linux 패키지를 설치할 수도 있습니다.
생물 정보 학자로서의 의견은 귀하에게 적합한 Linux 버전을 다운로드하여 실행하는 것입니다. 거의 모든 것이 무료로 다운로드하여 사용할 수 있으며, 연구 작업에서 우분투와 CentOS를 사용합니다. 나는 내 경험을 공유 할 것이다.
CentOS : 설치하는 동안 모든 라이브러리를 설치하면 나중에 많은 문제가 발생하지 않습니다. Molecular Dynamics 패키지 AMBER 과 Desmond 를 사용했습니다. 많은 문제를 일으키지 않고 일반적으로 실행됩니다.
우분투 : 사전 설치된 많은 라이브러리가 제공되지 않기 때문에 소프트웨어 실행에 관한 정보를 어디서 찾을 수 있는지 알아야합니다. 그러나 우분투는 연구원들 사이에서 매우 인기가 있기 때문에 시도하지 않아야 할 이유가 없습니다. 소프트웨어를 설치하거나 실행하는 데 어려움이있는 경우 해당 특정 소프트웨어와 관련된 특정 메일 목록에 질문을 게시 할 수 있습니다. Pymol , AutoDock , Unipro UGENE 등과
같은 Ubuntu 소프트웨어 센터 프로그램에서 사용할 수 있습니다. Gromacs는 이전에 사용 가능했습니다 (12.04에서 찾지 못했습니다).
한 번의 노력으로 Ubuntu에 유용한 소프트웨어를 모두 설치 한 다음 Remastersys 를 사용 하여 OS 사본을 만들어 원하는 수의 데스크탑 및 워크 스테이션에 설치하는 것이 좋습니다.
개인적으로 생물학 및 화학 연구 대상을 대상으로하는 특수 Linux OS를 보유하는 데있어 엄청난 범위가 있습니다.
도움이 되길 바랍니다.
답변
답변
내가 아는 한,이 목적을위한 특별한 배포판은 없습니다.
( RedHat / Centos를 기반으로하는 Scientific Linux 라는 배포판 이 있지만 대부분 고 에너지 물리학의 요구에 의해 개발되고이를 목표로합니다 (우분투에 부족한 일반적인 기능은 없습니다).
우분투와 함께 제공되는 특수 과학 응용 프로그램의 수는 비교적 적지 만 (과학 / 엔지니어링의) 생물학 범주 (과학 / 엔지니어링)가 있습니다 (그리고 다른 배포판에서도 마찬가지입니다). Science + Engineering / Biology 에는 몇 가지 목록이 있지만 최신 상태는 아닙니다.
즉, 많은 과학 도구는 공식 저장소가 아니지만 다운로드 할 수있는 우분투 호환 (.deb) 패키지 (예 : libSBML ) 또는 일반 Linux 바이너리 (예 : Copasi )를 제공하거나 플랫폼 중립적입니다 (Java로 작성 됨, python 등) 우분투 (예 : ImageJ ) 에서 매우 행복하게 실행되어야합니다 .
나는 Ubuntu를 전산 생물학 작업에 사용하지만, 이것은 주로 특수 응용 프로그램이 아닌 범용 도구 (예 : R, python)로 작업하는 것과 관련이 있습니다.
답변
사용 가능한 Ubuntu Science 리믹스가 여러 개 있지만 모두 사망 한 것으로 보입니다. 많은 응용 프로그램을 자동 설치하는 것 외에도 많은 기능을 제공하지 않기 때문에 개발자가 응용 프로그램을 유지하는 데 필요한 중요한 양을 얻지 못하기 때문에 많은 우분투 리믹스의 방식 인 것처럼 보입니다. .
필자 는 Fermilab, CERN 등이 사용하고 개발 한 Scientific Linux 와 같은 견고한 과학 기반 배포판을 사용하는 것이 좋습니다 . 이것은 언제 어디서나 진행되지 않는 훌륭한 배포판입니다. 과학계의 지원. 불행히도, Red Hat을 기반으로하므로 사용자의 요구에 완벽하게 맞지 않을 수 있습니다.
Ubuntu를 사용해야하는 경우, repos에서 여러 과학 응용 프로그램을 사용할 수 있습니다. Ubuntu Software Center를 시작하고 “과학 및 엔지니어링”-> 생물학을 찾아보십시오. 본인의 전문 지식이 없기 때문에 이러한 프로그램의 유용성이 확실하지 않습니다. 그것들이 충분하다면, 새로운 머신을 설치할 때 그것들을 모두 설치 한 빠른 bash 스크립트를 설정할 수 있습니다.